Quillayquén viene del mapudungun «küllay-ken» y se puede interpretar literalmente como «quillalles a menudo», dando a entender así que hay abundancia del árbol quillay. «Küllay» es un árbol endémico de Chile y «ken» indica que algo es constante en el tiempo.
Quillayquén es el nombre de un cerro que se localiza dentro de un cordón de montañas que se alza al sur de la laguna Aculeo. Este cerro se levanta al poniente del pueblo de Coltauco; entre la comuna del mismo nombre y la de Las Cabras.